"R&D 수행 단계에 혜택이 집중되어 있는 조세지출 제조를 기획, 기술이전, 투자회수 등 R&D  전주기 영역에 대해 균형 있는 지원 체계로의 전환 필요"

● 「2025년 조세지출예산서」 기준 280개 조세지출 제도를 대상으로 R&D와 직·간접적으로 관련된 제도를 선별

   - R&D와 관련된 조세지출을 선별하는 데 다음과 같은 기준을 수립 및 적용 <링크 참고>

   - 「조세지출예산서」에는 이미 18개 제도가 연구개발로 분류되어 있으나, 연구개발과 관련성이 낮은 제도들이 포함되어 있어 별도의 분류 기준을 수립하여 분석에 활용

● 280개 제도 중 28개가 R&D 관련 조세지출로 나타남

   - 앞서 제시한 분류 기준을 적용하여 28개 R&D 관련 조세지출 제도를 선별 

● R&D 관련 조세지출 제도를 지원유형과 지원방식별로 분류한 결과 대부분은 R&D 수행 단계에서 발생한 비용을 세액공제하는 방식으로 운영

   - 제도별 세부 내용을 기반으로 R&D 조세지출 제도를 지원유형과 지원방식별로 분류

   - 분류 결과, R&D 수행 단계에서 세액을 공제하는 방식이 약 5.4조원으로 전체 R&D 조세지출 중 약 92.9%를 차지

● 산업, 기업 규모 등의 특성에 따라 조세지출 수혜 가능성에 차이가 발생

  - 그림 2에서와 같이 기업 설립 이후 최초로 흑자가 발생하는 기간이 산업별로 큰 차이가 있는데, 이러한 산업의 특성으로 인해 조세지출 수혜 가능성이 달라짐

  - 또한 조세지출 수혜 여부 분석 결과, 그림 3처럼 중견·대기업에 비해 중소기업의 조세지출 수혜 가능성이 높게 나타남

▲시사점

   - 기술이전 및 투자회수(EXIT) 촉진을 위해 세액공제율을 인상

   - R&D 기획 단계에 대한 지원 강화를 위해 공제 대상 R&D 범위 확대 및 준비금 손금산입 재시행

   - 조세지출 실효성 제고를 위해 이월 및 유예 기간의 조정, 환급, 최저한세율 인하 등을 추진

출처 : 과학기술정책연구원 과학기술정책 Brief 제53호(2025.09.25.)

(저자 : 김학효 부연구위원)